分子动力学在优化中的作用
MD 模拟如何辅助结合模式与选择性理解
本节你将能
解释分子动力学（MD）在先导优化中的价值与常见误用。
直觉模型
MD 像慢动作回放蛋白-配体相互作用：看钥匙是否在锁里稳定停留，而非只看静态合影。
核心要点
- 结合稳定性：RMSD、关键氢键寿命
- 选择性假设：突变体/同源蛋白对比模拟
- 水分子/变构位点探索
- MD 不能替代实验 Ki/Kd，需与 SPR/晶体互补
案例锚点
解释选择性时，常对同源激酶做 MD 对比，指导取代基方向。
互动
判断：「MD 100 ns 稳定 = 体内 PK 一定好」——错在哪？
常见误区
用默认力场不做体系验证就下结论。
本节小结
MD 结果应服务于章关：优化优先级决策。