AlphaFold 与置信度
pLDDT、PAE 如何读
本节你将能
解释 pLDDT/PAE 的用途,并给出使用预测结构的谨慎原则。
直觉模型
pLDDT 像「每个残基的把握」;PAE 像「两个残基相对位置靠不靠谱」。
核心要点
- 高 pLDDT 区域更适合看局部结构
- 结构域之间朝向可能不准(看 PAE)
- 低置信 loop 不要过度解释
常见误区
整条链平均分还行就盲目对接药物——要看位点局部。
动手
读一张示例 pLDDT 曲线图(概念)。
互动
测验:pLDDT 主要描述什么。
本节小结
下一节用 ColabFold 跑通一次预测。