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AlphaFold 与置信度

pLDDT、PAE 如何读

本节你将能

解释 pLDDT/PAE 的用途,并给出使用预测结构的谨慎原则。

直觉模型

pLDDT 像「每个残基的把握」;PAE 像「两个残基相对位置靠不靠谱」。

核心要点

  • 高 pLDDT 区域更适合看局部结构
  • 结构域之间朝向可能不准(看 PAE)
  • 低置信 loop 不要过度解释

常见误区

整条链平均分还行就盲目对接药物——要看位点局部。

动手

读一张示例 pLDDT 曲线图(概念)。

互动

测验:pLDDT 主要描述什么。

本节小结

下一节用 ColabFold 跑通一次预测。

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