Smith-Waterman 与局部比对
允许从零重新开始的高分片段
本节你将能
说明 SW 与 NW 的关键差异：负分置零与局部回溯。
直觉模型
局部比对像「只对齐两段真正相似的区域」，其余部分可以忽略。
核心要点
- 递推取 max(..., 0)
- 从全局最大格回溯到 0
- 适合结构域、motif、局部同源
常见误区
对需要全长覆盖的拼接问题误用纯局部比对。
动手
比较同一对序列在 NW/SW 下结果差异（概念上）。
互动
测验：SW 递推为何允许 0。
本节小结
下一节用 Python 实现迷你比对器。