Entrez 检索与下载

本节你将能

设置 email，用 Entrez.esearch/efetch 下载序列。

直觉模型

先 search 拿 ID 列表，再 fetch 拿记录——像图书馆先查目录再取书。

核心要点

• 必须设置 Entrez.email
• 遵守请求频率；批量用历史/批处理
• 返回句柄配合 SeqIO 解析

from Bio import Entrez, SeqIO
Entrez.email = "you@example.com"
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id="EU490707", rettype="fasta", retmode="text")
print(SeqIO.read(handle, "fasta").id)

常见误区

不设 email 或高频轰炸——可能被限流。

动手

下载一条核酸 FASTA 到本地。

互动

测验：Entrez 使用前通常要设置什么。

本节小结

下一节做序列统计与简单可视化。