读写 FASTA 与 GenBank

本节你将能

用 SeqIO 读取 FASTA/GenBank，并写出过滤后的子集。

直觉模型

SeqIO 是「通用读卡器」：按格式名解析，逐条迭代，避免一次吞下整个基因组。

核心要点

• SeqIO.parse(handle, "fasta") 迭代
• SeqIO.read 仅当文件恰有一条记录
• SeqIO.write(records, out, "fasta")

from Bio import SeqIO
for rec in SeqIO.parse("demo.fa", "fasta"):
    print(rec.id, len(rec.seq))

常见误区

对多序列文件用 read——会抛异常。

动手

过滤长度 > 100 的序列写到新 FASTA。

互动

测验：多序列文件该用 parse 还是 read。

本节小结

下一节用 Entrez 拉在线数据。